杂交后代不一定比亲本更有优势。我们看到的杂种优势个体，很大程度上是人工筛选的结果。举一个简单的例子，假设有两个亲本，基因型分别为AAbb和aaBB，它们的杂交后代基因型为AaBb。如果亲本的优势性状恰好是显性性状，那么显然子一代继承了双方的优势性状。但这种情况是非常巧合的。而且这些优势不能稳定遗传，子二代会发生性状分离。如果优势性状是隐性的呢？那么基因型AaBb的子一代反而得不到任何一种优势性状。这时就需要从子一代自交产生的子二代中筛选出aabb的个体。学过高中生物就知道，概率为1/16。这是只用高中生物知识举出的例子。现实中的遗传机制要复杂得多，还存在诸如共显性，上位作用，数量性状，包括现在很热门的表观遗传等情况，还有一些其他机制，诸位答主已经说了很多，在此不再赘述。杂交育种工作者需要做的，就是选取合适的亲本，然后在子代中选择我们需要的性状。被筛选出的个体进入了公众的视野，给了很多人一种杂种一定有优势的错觉，而被淘汰掉的个体则默默无闻。此外，动物界有杂交种对双亲的生活环境都不能很好适应的例子，植物界有没有不太清楚。不过既然题目问的是植物，就不展开叙述了。自然选择和人工育种有相似之处。并不是随着时间的推移，物种的生存能力就会越来越强，作物就会越长越好。只是不够强的，不够好的，都遭到了无情的淘汰而已。
杂交育种的优点是可以快速简单的把优良性状汇聚到一个个体身上。根据不同的杂交方式和选取杂交基因的不同，子代会有不同种优良性状的表现，而并非全部加快生长或者更能适应环境，这个不能一概而论。杂交可快速汇聚优良性状，但缺点也很明显，就是无法保持稳定遗传。参考孟德尔验证自由分离定律的实验，F1代为双杂合子，其性状为父本母本显性性状，而F2代就因自由分离出现了不同性状。当然目前针对这一现象，科学家已经发现了些可行办法，就比如袁隆平的杂交水稻，运用特殊的一种杂交方式(二系配套和三系配套)，使得水稻既能保持高产，又能保证优良的基因不会因不断自交或杂交而改变基因频率。
杂交是通过不同稻种相互杂交产生的，而水稻是自花授粉作物，对配制杂交种子不利。要进行两个不同稻种杂交，先要把一个品种的雄蕊进行人工去雄或杀死，然后将另一品种的雄蕊花粉授给去雄的品种，这样才不会出现去雄品种自花授粉的假杂交。可是，如果用人工方法在数以万计的水稻花朵上进行去雄授粉的话，工作量极大，实际并不可能解决生产的大量用种。因此，研究培育出一种水稻做母本，这种母本有特殊的个性，它的雄蕊瘦小退化，花药干瘪畸形。靠自己的花粉不能受精结籽。
