人的交感神经应该是夜间休息白天兴奋，这样才能支持人一天的工作，而熬夜者的交感神经却是夜晚兴奋。熬夜后的第二天白天，交感神经就难以充分兴奋了。这样就使人在白天没有精神、头昏脑涨、记忆力减退、注意力不集中、反应迟钝、健忘以及头晕、头痛等。时间长了，还会出现神经衰弱、失眠等问题。
长时间超负荷用眼，会使眼睛出现疼痛、干涩等问题，甚至使人患上干眼病。此外，眼肌的疲劳还会导致暂时性视力下降。长期熬夜造成的过度劳累还可能诱发中心性视网膜炎，使人出现视力模糊、视野中心有黑影、视物扭曲、变形、缩小、视物颜色改变等问题导致视力骤降。
对于熬夜族而言，身体超负荷工作，容易出现功能性紊乱，中医认为这是阴虚火旺，也就是人们常说的上火。另外，熬夜时人的生活往往不规律，因为要熬夜，有的人晚餐会吃得比较多，还有的人熬夜时饿了也会大吃一顿，因此熬夜者也常有肠胃病，如消化不良之类的。
人的胃黏膜上皮细胞平均2—3天就要更新一次，并且一般是在夜间进行的。如果夜间进餐，胃肠道得不到休息，会影响其修复过程。同时，夜宵长时间停滞在胃中，促使胃液的大量分泌，对胃黏膜造成刺激，久而久之，易导致胃黏膜糜烂、溃疡。
皮肤受损，一般来说，皮肤在晚上10点到次日凌晨2点进入夜间保养状态。如果长时间熬夜，会破坏人体内分泌系统和神经系统，就会出现皮肤干燥、弹性差、缺乏光泽、暗疮、粉刺、黄褐班、黑斑等问题。
熬夜会使免疫力降低，在熬夜对身体造成的多种损害中，最常见的就是使人经常疲劳、精神不振、抵抗力下降，而且还会出现体力透支和体内缺乏矿物质、维生素等微量元素，使人体处于严重的亚健康状态，抵抗力也会随之下降。
