首先从他的原籍算起，他是临安牛家村村民郭啸天的儿子，郭啸天和全真教的二代弟子“长春子”丘处机是朋友加兄弟的关系。而黄蓉作为“五绝”之一黄药师的女儿，是和丘处机属于同一个辈分的。那么可以得出结论，此时黄蓉比郭靖大一辈。
后来，他来到桃花岛，误打误撞的遇到中神通的师弟“老顽童”周伯通，两人结为把兄弟。而周伯通和黄药师一个辈分，显然这次他比黄蓉还高了一个辈分。所以，郭靖和黄蓉，一直都不是一个辈分的，但是这两个人结为夫妻，江湖上除了黄药师没人反对，可是到了杨过那里，却成了江湖上只有黄药师一个人支持，别人全部反对，尤其是郭靖和黄蓉，首当其冲的反对二人的结合。
其实，郭靖和黄蓉，二人还有一层关系，那就是郭靖是洪七公的徒弟，而黄药师，则是黄蓉的父亲！当年去提亲，也是洪七公带着郭靖去提亲，这样可以说两个人就是门当户对了。所以，从这个层面来说，郭靖和黄蓉又成了一个辈分了。
而小龙女和杨过是直接的师徒关系，《神雕侠侣》中说当时人很重视师徒关系，如同父子一般，所以杨龙恋自然遭到江湖人士的反对。另外，金庸最后一次修订自己的作品时，还写了另一段师徒恋情。那就是黄药师与他的弟子梅超风之间。
黄药师暗恋梅超风，但是碍于师徒关系，所以他不敢挑明，只好再纸上一遍一遍地写“恁时相见早留心，何况到如今”等诗句。后来黄药师娶了与梅超风同年所生的冯蘅，一次酒后，黄药师在徒弟们面前喃喃地说着醉话：“再没人胡说八道，说黄老邪想娶女弟子做老婆了吧？”
黄药师对杨过极为佩服，也是因为他执意要娶师父小龙女为妻，做了自己想做而不敢做的事情。所以，只有黄药师一个人支持杨过和小龙女，但是好在，二人最终也结尾眷侣，成为一代佳话。
