豆腐乳一经制成，营养成分最显著和变化是合成了大量维生素B12。缺乏维生素B12可以加速大脑老化进程，从而可引起老年性痴呆。除动物性食物，如肉、蛋、奶、鱼、虾含有较多维生素B12外，发酵后的豆腐制品也可产生大量维生素B12，尤其是豆腐乳含量更高。吃些豆腐乳，对预防老年性痴呆有积极作用。
豆腐乳有个大缺点：咸！钠多！高血压、心血管病、痛风、肾病患者以及胃肠道溃疡患者要少吃，以免加重病情；一般人群宜取少量腐乳或低盐腐乳制汁后再入菜。
任何东西都不能长期过量食用，豆腐乳也不例外。腐乳长期过量食用，除了考虑盐摄入超标以外，还要考虑嘌呤摄入的问题。痛风、肾病患者及消化道溃疡患者，宜少吃或不吃。正常人每次最多吃一块即可，不能拿腐乳当饭吃。
豆腐乳的含盐量是一个应该注意的问题，但不能称之为害处。只要引起注意就好了。粗略估计一下，一块腐乳含盐1克左右，只要注意每天的食盐摄入量，其实问题不大。对于高血压病人减少食用腐乳，用普通豆制品代替即可。
腐乳发酵所需的毛霉对人体是无毒害的，发酵过程中亦不会产生有毒物质。当然，如果制作过程出了问题，比如没有控制好酒精及盐分，造成杂菌大量生长，导致腐乳腐败，这样的腐乳吃下去当然对身体有害啦。
曾与某网友讨论"是否不可喝酒"，对方居然声言：凡是发酵的食品皆有损人体健康！我真无法再继续给他扫盲，除酒外"柴米油盐酱醋茶"，还有多少不必发酵的？馒头夹酱豆腐这位网友从不吃吧？
美食中的极品，对身体有益无害，但是市场上很难买到腌制的好的腐乳，要把它腌制成极品美味，是十分不容易的，一小个环节出错，味就变了。所以很难买到做的好的豆腐乳。
